23 июня 1858 г. в 10 часов вечера в дом Мортара явилась папская полиция – это еще была Папская область - и забрала ребенка Эдгардо с собой.
Эдгардо забрали в приют для новообращенных католиков в Риме, содержавшийся за счет налогов с евреев. Пий IX лично руководил этим делом, и все вмешательства были бесполезны.
В течение дальнейших нескольких лет семья и еврейские общины всей Европы пытались добиться возвращения ребенка. Императоры Франц-Иосиф и Наполеон III писали папе. Принц-регент Пруссии, будущий кайзер Вильгельм I , сказал, что он глубоко сочувствует, но, как протестант, обращаться к папе не будет.
В 1870 году Рим стал частью Италии. Семья снова пыталась получить сына. Но ему уже было 18 лет, и он объявил на суде, что желает остаться католиком. Позже он вступил в Августинский орден под именем Пия. Умер в 1940 году.
Отец Мортара был арестован по обвинению в том, что он выкинул свою служанку в окно, довольно долго просидел в тюрьме, а потом был полностью оправдан.