Группы, не признававшие авторитет Устной Торы, были влиятельны во времена Храма - это цдуким (саддукеи), Талмуд еще упоминает загадочных боэтусим - загадочных, потому что никакие другие источники их не упоминают. Непонятно, были ли какие-нибудь рудиментарные саддукейские группы между 1 и 8 вв., но караимы, разумеется, стремились подчеркнуть преемственность с древними группами.
Полного раскола между караимами и раввинистами не было: в глазах окружающих народов те и другие были евреями, внутри общин шла горячая полемика, особенно в 10-12 вв. Так, есть серьезные основания полагать, что семейство Бен Ашер, из которого исходит самый древний масоретский текст - Алеппский кодекс - было караимским. Кодекс сначала хранился в караимской синагоге в Иерусалиме, затем после прихода крестоносцев был выкуплен и хранился в караимской синагоге в Каире, а уже затем перешел к Рамбаму.
Исход полемики в каждом конкретном случае зависел от авторитета спорящих ученых: в Египте до приезда Рамбама большинство составлявли караимы, с приездом Рамбама – равновесие сместилось к раввинистам, но караимы все равно оставались. В Западной Европе караимов вроде не бывало, только в мусульманском мире и в Византии.
По легенде, в Литве караимы появились одновременно с татарами при Витовте в конце 14 в. Не знаю, ввозил ли он евреев-раввинистов из Крыма (там они были, но немного), но из Западной Европы ввозил много.
В Речи Посполитой караимы считались евреями и платили налоги через еврейские общины, как и в Османской империи.
Ашкеназские раввины, незнакомые с караимами, приравнивали их к неевреям, а восточные всегда считали их евреями, хотя и видели трудности со смешанными браками: у караимов возможен развод по инициативе жены или суда, а с точки зрения hалахи такой развод недействителен, и дети разведенной женщины от нового брака будут незаконнорожденными.
Новая ситуация возникла, когда караимские общины Речи Посполитой и Крыма вошли в состав Российской империи. В 1794 г. Екатерина II ввела двойное налогообложение евреев:
Позволив евреям отправлять мещанские и купеческие промыслы их в губерниях: Минской, Изъяславской, Брацлавской, Полоцкой, Могилевской, Киевской, Черниговской, Новгород-Северской, Екатеринославской и Области Таврической, записываться по городам в мещанство и купечество, повелеваем с тех из упомянутых евреев, которые таковым дозволением пользоваться желают, собирать с 1 числа следующего июля установленные подати вдвое противу положенных с мещан и купцов христианского закона разных исповеданий; которые же не похотят остаться, таковым дать свободу, на основании Положения о городах, по заплате трехлетней двойной подати, выехать из империи нашейже не похотят остаться, таковым дать свободу, на основании Положения о городах, по заплате трехлетней двойной подати, выехать из империи нашей…
Делегация крымских караимов отправилась к генерал-губернатору Платону Зубову и добилась от него освобождения караимов от двойного налогобложения. Вскоре это было распространено и на литовских караимов. С этого эпизода берет начало процесс деиудаизации караимов Российской империи.
В 1839 г. одесское общество истории и древностей и Таврический губернатор Муромцев, обратилось к евпаторийскому гахаму Симе Бобовичу с предложением поручить караимским ученым представить ответы на следующие вопросы: 1) «В какое время и по какой надобности пришли сюда К. и поселились здесь в Крыму?» 2) «Откуда и от какой нации происходят К.?» 3) «Какие их свойства, нравы и занятия?» 4) «Не находится ли и не находилось ли между К. знаменитых мужей, прославивших век свой отличными их деяниями?» 5) «Не имеется ли у них летописей от их предков, которые бы могли доказать, что их вера самая древняя?» 6) «По какой причине К. отделились от раббанитов и какая между ними разница в рассуждении их веры?»
Бобович созвал депутатов всех караимских общин в Крыму для совещания об ответе на эти вопросы. Они поручили ученому Аврааму Фирковичу составить ответы, тот заручился полномочиями генерал-губернатора гр. Воронцова и отправился искать древние документы. Полномочия позволяли ему изымать древние рукописи у раббанитских общин в Крыму и на Кавказе, что он активно и делал. Позже он совершил путешествие в Палестину и Египет, где собрал огромную коллекцию древностей самаритянских и из Каирской генизы. На основании этих документов, богатой фантазии, фальсифицированных надгробных памятников - он заявил, что крымские караимы - это потомки 10 колен Израилевых, гарнизон которых был отправлен в Крым Киром и Камбизом.

Авраам Фиркович
В 1855 г. по инициативе Фирковича караимы обратились к царскому правительству: поскольку их предки поселились в Крыму еще при Камбизе и не участвовали в казни Иисуса, они просят правительство снять с них ограничения в правах, наложенные на евреев. Просьба была услышана, и в 1863 г. все ограничения с караимов были сняты. С аналогичным письмом, тоже с помощью Фирковича, обратились к австрийским властям караимы Галиции и тоже были приравнены в правах к христианам.
Правда, местные власти нередко все считали караимов евреями, и министерство внутренних дел периодически вынуждено было давать разъяснения на эту тему, последнее - за подписью Столыпина в 1910 г.

Дальнейшие изменения караимского самосознания в первой половине 20 в. связаны с новым поколением - людей, воспользовавшихся плодами политических достижений Фирковича, получивших университетское образование и продвинувшихся по российской служебной лестнице. С.М.Шапшал - выпускник СПБ университета по факультету восточных языков, был послан в 1901 г. по заданию МИДа в Персию в качестве преподавателя русского языка для наследника шахского престола Мохаммеда Али. Они очень подружились, и когда в 1907 г. Мохаммед Али занял престол, Шапшал стал его советником и генерал-адъютантом.

С.М.Шапшал
В Персии происходила конститиционная революция. По совету Шапшала шах разогнал парламент, но это не помогло, революция только усилилась, и в 1908 г. по категорическому требованию восставших Шапшал был изгнан из Персии (шах через год последовал за ним).
Среди прочего, Шапшал занялся караимской этнографией. Его уже не устраивали идеи Фирковича о 10 коленах, караимы должны были иметь тюркское - то есть, по его представлениям, арийское – происхождение. И Моисееву веру они приняли не по-настоящему, а вообще-то сохранили древнетюркский культ Тенгри. И Витовт, конечно, привел их в Литву не в качестве торговцев и ремесленников, а в качестве смелых воинов.
В 1915 г. Шапшал был избран гахамом Караимского духовного правления Таврического и Одесского. В 1920 г. он бежал из Крыма в Турцию (как он впоследствии писал в советской автобиографии, от преследований врангелевской контраазведки за просоветские взгляды), а в 1928 г. перебрался в Литву и был избран гахамом караимских общин Польши и Литвы.
Его политика состояла в максимальной де-иудаизации караимского наследия. Иврит был максимально исключен из употребления, названия праздников переведены на татарский язык, вся символика, как-либо связанная с иудаизмом - ликвидирована.

Кенасса в Тракае. На фотографии 1932 г. (слева) - видны шестиконечная звезда на воротах и на куполе; на фотографии 1938 г. (справа) шестиконечная звезда отсутствует.
После прихода в Литву Советов Шапшал снял с себя полномочия гахама - к тому времени, по его предложению, должность называлась гахан, не от еврейского хахам, а от тюркского каган - затем, после прихода немцев, снова принял. После вторичного прихода Советов - уцелел, вторично снял с себя полномочия и до самой смерти в 1961 г. работал старшим научным сотрудником Института истории Литовской АН.
После принятия Нюрнбергских законов небольшая группа караимов, проживавших в Берлине - в основном бывшие врангелевские офицеры - обратились в министерство внутренних дел с просьбой орличать их от евреев, как отличала даже царская власть. В Ленинград был командирован профессор-востоковед Кале, он изучил архивные документы, связанные с караимами, и после повторного обращения бывшего евпаторийского городского головы Дувана, в 1939 г. караимы получили от МВД охранную грамоту.
После нападения Германии на Советский Союз в разных местах бывало по разному: в Тракае, Луцке и Галиче караимов не трогали, а в Киеве - расстреляли в Бабьем Яру. После захвата Крыма, где караимов было больше всего, руководство Айнзацгруппы послало запрос в Берлин и получило ответ от Гиммлера, что караимские общины нельзя считать еврейскими и даже царское правительство не считало из евреями, что же касается их расового происхождения, оно, судя по всему, монгольское, и они не подлежат уничтожению.
К слову сказать, аналогичный запрос был послан относительно крымчаков - евреев-раббанитов, живущих в Крыму. Был получен ответ, что их надо считать евреями, и что они подлежат уничтожению. Но запрос выиграл время, Красная Армия высадилась в Керчи, и кое-кто из керченских крымчаков успел эвакуироваться.
Но вопрос о статусе караимов не переставал волновать ведомство Розенберга, и оно продолжало заниматься изысканиями. Среди прочего, в августе-ноябре 1942 г. они обратились к нескольким еврейским ученым, находившимся в разных гетто: Меиру Балабану в Варшаве, Зелику Калмановичу в Вильно, и Лейбу Ландау во Львове, - с просьбой написать записки о происхождении караимов. Все они, не сговариваясь, вопреки своим довоенным научным взглядам, написали, что караимы не происходят от евреев. Калманович перед войной проводил публичный диспут с Шапшалом, теперь он публично заявил, что в свете новых материалов он признает свою неправоту.
В постсоветское время руководство караимских общин продолжает политику де-иудаизации, начатую Фирковичем и Шапшалом. Можно, наверное, сказать, что караимы претерпели эволюцию, очень похожую на национальное возрождение восточноевропейских народов: ученые-этнографы в качестве руководителей нации; создание национальной мифологии, во многом основанной на заведомых фальсификациях; политические успехи, основанные на международном признании этой мифологии. В бывшем СССР сейчас живет около 2000 караимов (они теперь предпочитают называть себя карайлар).
Отметим, что все эти процессы никак не затронули караимов на Востоке: они по-прежнему считали себя евреями; участвовали в сионистском движении (египетский караим Моше Марзук был казнен в 1955 г. в связи с делом Лавона); и в массе приехали в Израиль. В Израиле живет около 40000 караимов, большинство в городах, есть несколько сельскохозяйственных поселений, населенных почти исключительно караимами. Р. Овадия и р. Мордехай Элияhу отменили прежние ограничения на браки с караимами.