Слово pagan в Риме вовсе не означало «язычник». Оно означало что-то вроде «деревенщина». Или, по другому мнению «шпак», то есть штатский (в противовес военному).
В таком значении это слово и упоминается в мидраше (Мидраш Шмуэль 24), где говорится, что Шауль переоделся в паганика (פגניקא), - то ли в штатское, то ли в простонародную одежду - когда пошел к колдунье.
А значение «язычник» появилось примерно в 4 веке у христиан. То ли, когда в городах уже было распространено христианство, а в сельской местности - еще нет. То ли потому, что христиане считали себя божественной армией, а необращенных язычников – потенциальными рекрутами.
В значении «язычник» слово пришло в греческий, а оттуда - в славянские языки уже в новом значении «нечистый, гадкий». Оттуда и грибы поганки.