В конце 1936 года <Яков> Бранденбургский, в то время председатель гражданско-судебной коллегии Верховного суда СССР, начал странно себя вести и перестал ходить на работу. В декабре его жене и дочери позвонили с Канатчиковой дачи и сказали, что он был подобран на улице в невменяемом состоянии. Через некоторое время им разрешили забрать его домой, но он отказывался есть, и его увезли в Пироговскую больницу.
- Когда мы к нему приходили», – рассказывала его дочь шестьдесят лет спустя, - мы видели совершенно чужого человека, находящегося в прострации. Будучи сибаритом, он нимало не тяготился обществом абсолютно безумных людей, кричащих, пищащих, ползающих по полу. Палата была переполнена тяжело больными. И папа, похоже, вполне комфортно себя ощущал в этой атмосфере. Он даже нашел себе друга – карлика с перекошенным лицом – и проводил с удовольствием время в его обществе… Он изредка произносил лишенные смысла, по нашему мнению, фразы. Однажды вдруг он встревожился: «Зачем на пакете с конфетами написана моя фамилия? Меня же так смогут найти!»
В конце 1938 года, после окончания массовых операций, Бранденбургский вдруг выздоровел, вернулся домой, вышел на пенсию и стал внештатным лектором Московского городского комитета партии. Он умер в 1951 году за шахматной доской в возрасте семидесяти лет. Он никогда не говорил о своей болезни.